Jan Freese studierte Archäologie und Kunstgeschichte an der Humboldt-Universität Berlin. Anschließend wurde er Bühnenbildassistent am Maxim-Gorki-Theater, wo erste eigene Bühnenbilder entstanden. Danach wurde er Assistent von Prof. Johannes Schütz, u.a. für die Deutsche Oper am Rhein in Düsseldorf. Es folgten Assistenzen bei Karl Ernst Herrmann und auch zahlreiche eigene Bühnenbilder für Opern, Musicals und Schauspielproduktionen im In- und Ausland, sowie architekturbezogene Rauminstallationen. Arbeiten führten ihn an das Deutsche Theater Berlin, die Volksbühne Berlin, das Schauspielhaus Dresden, das Ballhaus Ost und an die Sophiensaele Berlin, sowie ans Nationaltheater Mannheim und an das Staatstheater Stuttgart, unter anderem für Inszenierungen der Regisseur*innen Katharina Thalbach, Christian Weise, Maria Victoria Linke und Katja Wolff.

Seit 2018 verbinden ihn gemeinsame Arbeiten mit der Opernregisseurin Yona Kim und dem Choreographen und Regisseur Otto Pichler. Am Staatstheater Augsburg entstand vor zwei Jahren die Zusammenarbeit mit dem Regisseur Sebastian Schug und der Kostümbildnerin Juliane Götz. In dieser Spielzeit entsteht das Bühnenbild für Das Vermächtnis und Bühnenbilder für Opern und Schauspielproduktionen am Staatstheater Cottbus und am Staatstheater Meiningen.