Martin Windhorst stammt aus Ostwestfalen. Er verbrachte den Anfang seiner Ausbildung in Bonn. Anschließend studierte er Kulturwissenschaften in Hildesheim. Während des Studiums moderierte er die Klassiksendung Tonika des Hildesheimer Bürgerradios und organisierte studentische Konzertreihen. Er absolvierte Praktika und Nebenjobs im Eventmanagement in Hannover (A-Capella-Woche), der Bibliothek des Beethoven-Hauses in Bonn und beim Schleswig-Holstein Musik Festival in Lübeck. Von 2007 bis 2009 arbeitete er im Orchestermanagement des Staatsorchesters Rheinische Philharmonie in Koblenz, verantwortlich u. a. für die musikpädagogischen Programme, die Presse- und Öffentlichkeitsarbeit sowie die Konzertorganisation i. A.. Von 2009 bis 2016 war er als Assistent der Geschäftsführung und interimistisch Geschäftsführer beim Württembergischen Kammerorchester Heilbronn. Dort war er zuständig u. a. für die Tourneeplanung und -begleitung des Orchesters (Spanien, Italien, England, China, Korea, Indonesien, Kambodscha u. a.). 2015 und 2016 war er zusätzlich Orchestermanager der Cappella Aquileia, dem Orchester der Opernfestspiele Heidenheim. Seit Beginn der Spielzeit 2016/2017 ist er Orchestergeschäftsführer des Sinfonieorchesters Münster.