Seit 1986 ist Marko Japelj freiberuflicher Bühnenbildner und zählt mittlerweile fast dreihundert Aufführungen in Slowenien und im Ausland. Er studierte Architektur in Ljubljana und schuf sein erstes Bühnenbild für das Schauspiel Hedda Gabler an der Akademie für Theater und Film in Ljubljana. Sein szenisches Theaterdebut gab er 1987 am Slowenischen Nationaltheater in Maribor mit Anton Tschechows Drei Schwestern.

Er entwarf Bühnenbilder für Schauspiel, Oper, Ballett und zeitgenössischen Tanz an den Nationaltheatern in Slowenien, den Nationaltheatern Zagreb und Rijeka in Kroatien, den Nationaltheatern Belgrad und Podgorica, der Oper Bukarest, dem Slowakischen Nationaltheater in Bratislava, dem Nationaltheater in Brünn, der Oper Zürich und dem Aalto-Musiktheater in Essen.

Seine Entwürfe für Ballett- und Tanzabende waren u.a. an den Theatern in Darmstadt, Wiesbaden, Augsburg, Wuppertal, Dortmund, Stuttgart, Magdeburg, Chemnitz, der Oper Leipzig, dem Königlichen Ballett von Flandern in Antwerpen und Gent, der Lettischen Nationaloper in Riga, dem NDT 1 in Den Haag, der Oper Metz, dem West Australian Ballet, den Les Grands Ballets Canadienne in Montreal, der Wiener Staatsoper, dem Bolshoi Theater und dem Birmingham Royal Ballet zu sehen.

Eine enge Zusammenarbeit verbindet ihn mit dem Choreografen Edward Clug wobei Produktionen wie Tango (1998), Lacrimas, Radio&Juliet, Architecture of Silence, Prêt-à-porter, Watching others, Hill Harper's Hill, Chamber Minds, Le Sacre du Printemps, Les Noces, Peer Gynt, Hora/Kontraste, Proof, Kekec, Petrushka, Patterns in ¾, Carmina Burana, Aperture, Source und Master and Margarita entstanden.

Marko Japelj wurde mehrfach national und international für seine Arbeiten ausgezeichnet.

Von 1995 bis 1997 war er Gastprofessor und Leiter der Abteilung für Theater- und Filmausstattungen an der Universität für angewandte Kunst in Wien.